畜牧基因组技术指的应用于畜牧产业的基因技术，该项技术应用的实现主要分为三步：第一步需要建立一个参考群，记录一些表型数据，例如目标体重的动物日龄、生长速度、肉质、抗病性等性状；第二步需要使用芯片对这些参考群的动物进行基因测序，研究其基因型和表型性状之间的关系；最后跨越动物生理生长周期，通过芯片测定动物有哪些基因，就可以得到猪的基因型与总值，无需实际等待动物长大。
   畜牧基因组技术在畜牧领域有着广阔的应用领域和良好的应用前景。一是，可以降低畜牧养殖成本，通过畜牧基因组技术培育优良品种，让动物生得多，死得少，长得快，吃得少；二是可用于冬雨疫病检测，如疫苗接种、病菌监测、疾病诊断等；三是提高畜牧产品的品质，培育肉质更好、口感更好的家畜；此外，该技术还有利于改善动物肠道菌群，进而改善生态环境。
  当前关于畜牧基因组的研发机构较多，其中中国农业大学、华中农业大学、浙江大学、江南大学、复旦大学、华南农业大学等多所高校在该领域的研发及技术成果较多。企业方面，国内越来越多的企业不断加强该项技术的研发，并取得了一系列研发和应用成果。
   北京康普森生物技术有限公司是该领域起步时间较早的企业，公司于2011年成立，以基因组检测为基础，深耕农业领域。公司已研发出多种基因组检测产品，如猪SNP分型芯片 “中芯一号”基因芯片、中国地方鸡种SNP分型的中高通量芯片“京芯一号”、中国蛋鸡品种的基因分型芯片“凤芯一号”、“盐池滩羊基因（SNP）鉴定技术”等，其下属康普森农业公司可提供个性化育种方案制定、畜禽基因组选育、选配策略制定、遗传疾病评估、功能基因检测等一站式育种服务。
   石家庄博瑞迪生物技术有限公司是一家专注于动植物分子检测和育种相关技术开发与应用的创新型企业，公司联合兰州大学研发了国内首款基于大规模基因组选择参考群的高性能绵羊基因组育种芯片“兰大•华羊芯”。
    虽然国内畜牧基因组技术及相关产业发展很快，但行业发展仍然面临一些难题亟待解决。一方面，畜牧基因组技术尤其是芯片成本的应用成本很高，而养殖业利润水平较低且市场波动较大，因此下游用户采用该技术的积极性不足；另一方面，畜牧基因组技术需要基于大量表型性状的数据的累积，这需要很长的时间，由于相关的育种数据积累不足，基因组选择技术的优势没有明显的发挥出来；此外，畜牧基因组技术的技术壁垒较高，不仅对企业的生物技术能力要求较高，还对企业的大数据处理能力也有着较高的要求，具备相应实力的企业数量有限。