RNA探针，是生物探针的一种，属于核酸探针，是能与相对应核酸序列进行互补结合的一段核酸分子，根据来源来看，主要包括单链cDNA探针、cRNA探针、寡核苷酸探针三种。
　　RNA探针的核酸分子为单链，需经过示踪物标记，然后与靶核酸序列进行杂交，形成双链，对标记物进行探测，可获得样品中是否含有目标核酸序列，以及含量的多少与位置。RNA探针核酸分子的选择需要关注核酸分子的特异性、制备与标记难易程度、杂交稳定性等，早期采用的RNA探针主要是细胞mRNA探针、病毒RNA探针，标记难度较大，应用受到限制。
　　目前常见的RNA探针细分产品中，单链cDNA探针，对相应基因进行转录，获得mRNA，再经逆转录获得cDNA，制备过程较为复杂；cRNA探针，以cDNA为模板，经过体外转录获得cRNA，制备难度较大；寡核苷酸探针，体外人工合成的与目标基因序列互补的单链核苷酸片段，对片段长度范围要求较高，标记物携带有限。这些不同类型的RNA探针产品各有优缺点。
　　RNA探针采用示踪物进行标记，通常采用放射性同位素、地高辛、生物素、荧光染料等，这些示踪物具有自显影或者发光效果，以达到高灵敏检测效果。例如以地高辛标记的RNA探针为例，可以利用琼脂糖凝胶电泳检测片段长度，利用斑点杂交实验验证探针灵敏度，杂交完成后标记物检测方便。
　　与DNA探针相比，RNA探针具有可改良杂交印迹、杂交反应效率高的优点，但仅能够在体外转录过程中进行标记，且不稳定容易被降解。因此RNA探针一般不应用在检测领域，主要应用于科研领域。RNA探针可以广泛应用在动物、植物、微生物、病毒等基因编辑研究领域，例如HIV病毒基因组DNA克隆研究方面。
　　在全球范围内，RNA探针提供商主要有瑞士Roche、荷兰Biolegio、英国Bioline、美国Sigma-Aldrich、美国Empire Genomics、美国Bio-Techne、美国Promega、中国台湾Abnova Corporation等，主要集中在美国地区，其次是欧洲地区。
　　我国科研实力不断进步，RNA探针作为重要工具，研究还在不断深入。2024年3月，中国科学院大连化学物理研究所研究团队，发展了能够与RNA特异性可逆结合，在活细胞内对细胞核核仁稳定成像的“缓冲荧光探针”Nu-AN，实现了对核仁动态轮廓的成像。